かくれキリシタンや古式捕鯨などの貴重な歴史文化を有しており、これらを紹介する施設として平成7年に開館。展示スペースは、「勇魚とりの物語（捕鯨）」「島の暮らし（民俗）」「かくれキリシタン」などの常設コーナーのほか、企画展や絵画展を行う企画展示室が備わっています。世界遺産候補「長崎と天草の潜伏キリシタン関連遺産」の価値に係る様々な展示資料は必見です。